①不動産特定共同事業法第二条第九項に規定する特例事業者（同法第二十二条の二第三項に規定する小規模特例事業者を除く。次項において同じ。）又は同法第二条第十一項に規定する適格特例投資家限定事業者が、同条第三項に規定する不動産特定共同事業契約（同項第一号又は第二号に掲げる契約のうち政令で定めるものに限る。）に係る不動産取引の目的となる不動産で次に掲げるものの取得をした場合には、当該不動産の所有権の移転の登記に係る登録免許税の税率は、財務省令で定めるところにより不動産特定共同事業法の一部を改正する法律（平成二十五年法律第五十六号）の施行の日から令和九年三月三十一日までの間に登記を受けるものに限り、登録免許税法第九条の規定にかかわらず、千分の十三とする。

②不動産特定共同事業法第二条第九項に規定する特例事業者又は同条第十一項に規定する適格特例投資家限定事業者が、前項に規定する不動産特定共同事業契約に係る不動産取引の目的となる建築物（同項第一号に掲げる土地に建築をする特定建築物又は同項第三号に掲げる建築物に限る。）の新築、改築又は特定増築等をした場合には、当該建築物（特定増築等の場合にあつては、当該特定増築等部分に限る。）の所有権の保存の登記に係る登録免許税の税率は、財務省令で定めるところにより同項に規定する期間内に登記を受けるものに限り、登録免許税法第九条の規定にかかわらず、千分の三とする。

③不動産特定共同事業法第二条第七項に規定する小規模不動産特定共同事業者又は同法第二十二条の二第三項に規定する小規模特例事業者が、同法第二条第三項に規定する不動産特定共同事業契約（同項第一号又は第二号に掲げる契約のうち政令で定めるものに限る。）に係る不動産取引の目的となる建築物で次に掲げるものの取得をした場合には、当該建築物の所有権の移転の登記に係る登録免許税の税率は、財務省令で定めるところにより不動産特定共同事業法の一部を改正する法律（平成二十九年法律第四十六号）の施行の日から令和九年三月三十一日までの間に登記を受けるものに限り、登録免許税法第九条の規定にかかわらず、千分の十三とする。

④不動産特定共同事業法第二条第七項に規定する小規模不動産特定共同事業者又は同法第二十二条の二第三項に規定する小規模特例事業者が、前項に規定する不動産特定共同事業契約に係る不動産取引の目的となる建築物（特例建築物又は同項第二号に掲げる建築物に限る。）の新築、改築又は特例増築等をした場合には、当該建築物（特例増築等の場合にあつては、当該特例増築等部分に限る。）の所有権の保存の登記に係る登録免許税の税率は、財務省令で定めるところにより同項に規定する期間内に登記を受けるものに限り、登録免許税法第九条の規定にかかわらず、千分の三とする。

地域公共交通の活性化及び再生に関する法律（平成十九年法律第五十九号）第二条第二号イに規定する鉄道事業者（同法第二十五条第一項（同法第二十九条の九において準用する場合を含む。）の規定により鉄道事業法第三条第一項の許可を受けたものとみなされた者を含む。）が、地域公共交通の活性化及び再生に関する法律第二十四条第八項（同法第二十九条の九において準用する場合を含む。）に規定する認定鉄道事業再構築実施計画（令和六年四月一日から令和九年三月三十一日までの間に同法第二十四条第二項（同条第七項（同法第二十九条の九において準用する場合を含む。）及び同法第二十九条の九において準用する場合を含む。）の規定による認定を受けたものに限る。）に基づき同法第二条第十号に規定する鉄道事業再構築事業に係る同号の旅客鉄道事業の用に供する土地又は建物で政令で定めるものの所有権、地上権又は賃借権の取得をした場合には、当該土地又は建物の所有権、地上権又は賃借権の移転の登記に係る登録免許税の税率は、財務省令で定めるところにより当該認定の日から一年以内に登記を受けるものに限り、登録免許税法第九条の規定にかかわらず、所有権の移転の登記にあつては千分の十とし、地上権又は賃借権の移転の登記にあつては千分の五とする。

特定建設線（全国新幹線鉄道整備法（昭和四十五年法律第七十一号）第四条第一項に規定する基本計画に定められた同項に規定する建設線のうち政令で定めるものをいう。）の同法第六条第一項に規定する建設主体として同項の規定により国土交通大臣が指名した法人が、同法第九条第一項の規定による国土交通大臣の認可を受けた当該特定建設線の工事実施計画に係る同法第二条に規定する新幹線鉄道の鉄道事業法第八条第一項に規定する鉄道施設の用に供する土地の所有権若しくは地上権の取得又は建物の建築をする場合には、当該土地の所有権の移転若しくは地上権の設定の登記又は当該建物の所有権の保存の登記については、財務省令で定めるところにより当該取得又は建築後一年以内に登記を受けるものに限り、登録免許税を課さない。

鉄道事業法第十三条第一項に規定する第一種鉄道事業者（地方公共団体の出資に係る法人で政令で定めるものに限る。）が、平成九年四月一日から令和十三年三月三十一日までの間に、旅客鉄道株式会社及び日本貨物鉄道株式会社に関する法律第一条第一項に規定する旅客会社、旅客鉄道株式会社及び日本貨物鉄道株式会社に関する法律の一部を改正する法律（平成十三年法律第六十一号）附則第二条第一項に規定する新会社又は旅客鉄道株式会社及び日本貨物鉄道株式会社に関する法律の一部を改正する法律（平成二十七年法律第三十六号）附則第二条第一項に規定する新会社（以下この条において「旅客会社等」という。）から取得した鉄道事業法第八条第一項に規定する鉄道施設（次に掲げる要件の全てを満たすものに限る。）に係る土地の所有権、地上権若しくは賃借権の移転又は建物の所有権若しくは賃借権の移転の登記については、財務省令で定めるところにより当該取得後一年以内に登記を受けるものに限り、登録免許税を課さない。

①個人が相続（相続人に対する遺贈を含む。以下この条において同じ。）により土地の所有権を取得した場合において、当該個人が当該相続による当該土地の所有権の移転の登記を受ける前に死亡したときは、平成三十年四月一日から令和九年三月三十一日までの間に当該個人を当該土地の所有権の登記名義人とするために受ける登記については、登録免許税を課さない。

②個人が、所有者不明土地の利用の円滑化等に関する特別措置法の施行の日から令和九年三月三十一日までの間に、土地について所有権の保存の登記（不動産登記法（平成十六年法律第百二十三号）第二条第十号に規定する表題部所有者の相続人が受けるものに限る。）又は相続による所有権の移転の登記を受ける場合において、これらの登記に係る登録免許税法第十条第一項の課税標準たる不動産の価額が百万円以下であるときは、これらの登記については、登録免許税を課さない。