法第十六条の二第十六項の規定により納付しなければならない手数料の額は、千九百円（同条第九項の規定により特定特別永住者証明書の交付を受ける場合にあっては、二千六百円）とする。
法第十六条の二第十六項の政令で定める場合は、次に掲げる場合とする。
特定特別永住者証明書の交付を受けた特別永住者が、天災その他自己の責めに帰することができない事由により当該特定特別永住者証明書が著しく毀損し、若しくは汚損し、若しくは法第八条第五項の規定による記録が毀損した場合又は当該特定特別永住者証明書の所持を失った場合において、法第十六条の二第一項（法第十三条第一項又は第十四条第一項前段若しくは第三項の規定による申請に係る部分に限る。）の規定による申請又は当該申請に併せてされた法第十六条の二第四項の規定による申出に基づき同条第六項又は第九項の規定により特定特別永住者証明書の交付を受けるとき。
特定特別永住者証明書の交付を受けた特別永住者であって、法第十六条の二第一項（法第十一条第一項の規定による届出又は法第十二条第一項の規定による申請に係る部分に限る。）の規定による申請を行ったものが、法第十六条の二第十項の規定により特定特別永住者証明書を交付されず、当該申請に係る法第十一条第一項の規定による届出又は法第十二条第一項の規定による申請に係る特別永住者証明書の交付を受けた場合において、法第十六条の二第一項（法第十四条第一項後段の規定による申請に係る部分に限る。）の規定による申請（当該特別永住者証明書の交付の日において行うものに限る。）又は当該申請に併せてされた法第十六条の二第四項の規定による申出に基づき同条第六項又は第九項の規定により特定特別永住者証明書の交付を受けるとき。
特定特別永住者証明書の交付を受けた特別永住者であって、出入国管理及び難民認定法第二十六条第一項の規定により再入国の許可を受けている者（法第二十三条第二項において準用する出入国管理及び難民認定法第二十六条の二第一項の規定により再入国の許可を受けたものとみなされる者を含む。）が、出国し、当該特定特別永住者証明書について、番号利用法第十八条の五第九項の規定により個人番号カードとみなして適用する番号利用法第十七条第十項の規定により個人番号カードの効力が失われた場合（行政手続における特定の個人を識別するための番号の利用等に関する法律施行令（平成二十六年政令第百五十五号。次号において「番号利用法施行令」という。）第十四条第一号に該当する場合に限る。）において、当該特別永住者が、再入国の許可の有効期間内に再入国をした後に、法第十六条の二第一項（法第十四条第一項後段の規定による申請に係る部分に限る。）の規定による申請又は当該申請に併せてされた法第十六条の二第四項の規定による申出に基づき同条第六項又は第九項の規定により特定特別永住者証明書の交付を受けるとき。
特定特別永住者証明書の交付を受けた特別永住者が、当該特定特別永住者証明書について、番号利用法第十八条の五第九項の規定により個人番号カードとみなして適用する番号利用法第十七条第十項の規定により個人番号カードの効力が失われた場合（番号利用法施行令第十四条第五号又は第六号に該当する場合に限る。）において、法第十六条の二第一項（法第十四条第一項後段の規定による申請に係る部分に限る。）の規定による申請又は当該申請に併せてされた法第十六条の二第四項の規定による申出に基づき同条第六項又は第九項の規定により特定特別永住者証明書の交付を受けるとき。
特定特別永住者証明書の交付を受けた特別永住者が、当該特定特別永住者証明書に法第八条第一項各号に掲げる事項を記載すべき余白がなくなった場合において、法第十六条の二第一項（法第十三条第一項又は第十四条第一項若しくは第三項の規定による申請に係る部分に限る。）の規定による申請又は当該申請に併せてされた法第十六条の二第四項の規定による申出に基づき同条第六項又は第九項の規定により特定特別永住者証明書の交付を受けるとき。