首席入国警備官は、次に掲げる事務をつかさどる。
入管法第六十一条の三の二第二項に掲げる入国警備官が行うこととされている事務（以下「警備業務」という。）に関する基本方針の企画及び立案に関すること。
違反調査に関すること。
退去強制事由に係る違反の防止に関すること。
収容令書及び退去強制令書の執行並びにその執行のための護送及び送還に関すること。
被退去強制者の送還要件具備手続に関すること。
収容場その他の被収容者を収容する施設に係る警備及び保安に関すること。
被収容者の処遇に関すること。
被収容者の入所及び出所に関すること。
面会及び通信に関すること。
武器の携帯、使用及び管理並びに入国警備官の装備に関すること。
入国警備官の点検、礼式及び非常訓練に関すること。
出入国及び外国人の在留の管理並びに難民及び補完的保護対象者に関する資料の収集に関すること。
警備業務に関する情報の収集及び管理に関すること。
退去強制の手続に関する電子計算機の運用及び保守に関すること。
入管法第四十四条の九第一項及び第二項に規定する事実の調査に関すること。
入管法第五十二条の七第一項及び第二項に規定する事実の調査に関すること。
入管法第五十九条の二第一項に規定する事実の調査（在留資格の取消しに関する処分又は在留特別許可に関する処分を行うためのものに限る。）に関すること。
入管法第二十二条の四第三項ただし書の規定による通知並びに第六十一条の八の二第四項及び第五項の規定による交付送達に関すること。
外国人の中長期の在留の管理に関すること（入国警備官の権限に係るものに限る。）。
東京出入国在留管理局、名古屋出入国在留管理局及び大阪出入国在留管理局に置かれる首席入国警備官の担当区分及び前項に規定する事務の分担は、それぞれ次の表のとおりとする。
| 局の名称 | 担当区分 | 分担事務 |
| 東京出入国在留管理局 | 企画管理担当 | 前項第一号、第三号、第十号及び第十一号に掲げる事務 |
| 調査企画担当 | 前項第十二号から第十四号までに掲げる事務及び同項第二号（他の担当が分担する事務を除く。）に掲げる事務 | |
| 調査第一担当 | 前項第二号に掲げる事務のうち摘発を必要とする違反事件（入管法の規定に違反する行為を助長する組織（以下「背後組織」という。）に属する者に関する違反事件を除く。）に関するもの並びにこれを端緒として行う同項第十五号及び第十七号に掲げる事務並びにこれらの事務の遂行に際して行う同項第十八号に掲げる事務 | |
| 調査第二担当 | 前項第二号に掲げる事務のうち背後組織に属する者に関する違反事件に関するもの並びにこれを端緒として行う同項第十五号及び第十七号に掲げる事務並びにこれらの事務の遂行に際して行う同項第十八号に掲げる事務 | |
| 調査第三担当 | 前項第二号に掲げる事務のうち違反事件に関するもの（調査第一担当、調査第二担当及び調査第五担当が分担する事務を除く。）並びにこれを端緒として行う同項第十五号及び第十七号に掲げる事務並びにこれらの事務の遂行に際して行う同項第十八号に掲げる事務 | |
| 調査第四担当 | 前項第十七号（他の担当が分担する事務を除く。）及び第十九号に掲げる事務並びにこれらの事務の遂行に際して行う同項第十八号に掲げる事務 | |
| 調査第五担当 | 前項第二号に掲げる事務のうち司法警察員、検察官、矯正施設の長又は地方更生保護委員会から通報又は容疑者の身柄の引渡しを受けた違反事件に関するもの並びにこれを端緒として行う同項第十五号及び第十七号に掲げる事務並びにこれらの事務の遂行に際して行う同項第十八号に掲げる事務 | |
| 処遇担当 | 前項第六号から第九号までに掲げる事務 | |
| 執行第一担当 | 前項第四号、第五号及び第十六号に掲げる事務（執行第二担当及び執行第三担当が分担する事務を除く。） | |
| 執行第二担当 | 前項第四号、第五号及び第十六号に掲げる事務のうち、監理措置又は仮放免された者に関するもの | |
| 執行第三担当 | 前項第四号（退去強制令書の執行並びにその執行のための護送及び送還に関する事務に限る。）、第五号及び第十六号に掲げる事務のうち、国費による送還に関するもの（執行第二担当が分担する事務を除く。） | |
| 名古屋出入国在留管理局 大阪出入国在留管理局 | 企画管理担当 | 前項第一号、第三号、第十号から第十四号までに掲げる事務 |
| 調査第一担当 | 前項第二号に掲げる事務のうち摘発を必要とする違反事件に関するもの並びに同項第十五号、第十七号（調査第二担当が分担する事務を除く。）及び第十九号に掲げる事務並びにこれらの事務の遂行に際して行う同項第十八号に掲げる事務 | |
| 調査第二担当 | 前項第二号に掲げる事務（調査第一担当が分担する事務を除く。）並びにこれを端緒として行う同項第十五号及び第十七号に掲げる事務並びにこれらの事務の遂行に際して行う同項第十八号に掲げる事務 | |
| 処遇担当 | 前項第六号から第九号までに掲げる事務 | |
| 執行担当 | 前項第四号、第五号及び第十六号に掲げる事務 |
東京出入国在留管理局、名古屋出入国在留管理局及び大阪出入国在留管理局の企画管理担当の首席入国警備官は、前項に規定する事務のほか、局内の首席入国警備官の職務の連絡調整に関する事務をつかさどる。
監理官は、命を受けて、地方出入国在留管理局の所掌事務に係る重要事項に関する事務を総括する。
東京出入国在留管理局成田空港支局、東京出入国在留管理局羽田空港支局、名古屋出入国在留管理局中部空港支局及び大阪出入国在留管理局関西空港支局にそれぞれ次長一人を置く。
次長は、支局長を助け、支局の事務を整理する。
支局に、次に掲げる課及び室を置く。
総務課
偽変造文書対策室（東京出入国在留管理局成田空港支局、東京出入国在留管理局羽田空港支局、名古屋出入国在留管理局中部空港支局及び大阪出入国在留管理局関西空港支局に限る。）
診療室（東京出入国在留管理局横浜支局に限る。）
前項に掲げる課及び室のほか、東京出入国在留管理局成田空港支局に審査監理官一人、首席審査官十六人及び首席入国警備官二人を、東京出入国在留管理局羽田空港支局に審査監理官一人、首席審査官九人及び首席入国警備官一人を、東京出入国在留管理局横浜支局に監理官一人、首席審査官四人及び首席入国警備官三人を、名古屋出入国在留管理局中部空港支局に審査監理官一人、首席審査官七人及び首席入国警備官一人を、大阪出入国在留管理局関西空港支局に審査監理官一人、首席審査官十二人及び首席入国警備官一人を、大阪出入国在留管理局神戸支局に監理官一人、首席審査官二人及び首席入国警備官一人を、福岡出入国在留管理局那覇支局に監理官、首席審査官及び首席入国警備官それぞれ一人を置く。
偽変造文書対策室は、旅券、査証等の文書の鑑識並びに偽変造文書に係る情報の収集及び分析その他の偽変造文書対策に関する事務をつかさどる。