地方出入国在留管理局に、次に掲げる課及び室を置く。
総務課
職員課（東京出入国在留管理局、名古屋出入国在留管理局及び大阪出入国在留管理局に限る。）
会計課（東京出入国在留管理局、名古屋出入国在留管理局、大阪出入国在留管理局及び福岡出入国在留管理局に限る。）
用度課（東京出入国在留管理局に限る。）
診療室（東京出入国在留管理局、名古屋出入国在留管理局及び大阪出入国在留管理局に限る。）
前項に掲げる課及び室のほか、札幌出入国在留管理局、仙台出入国在留管理局及び高松出入国在留管理局にそれぞれ監理官一人、首席審査官二人及び首席入国警備官一人を、東京出入国在留管理局に監理官一人、審査監理官三人、警備監理官二人、首席審査官二十人及び首席入国警備官十一人を、名古屋出入国在留管理局に審査監理官一人、警備監理官一人、首席審査官十一人及び首席入国警備官五人を、大阪出入国在留管理局に審査監理官一人、警備監理官一人、首席審査官九人及び首席入国警備官五人を、広島出入国在留管理局に監理官一人、首席審査官三人及び首席入国警備官一人を、福岡出入国在留管理局に監理官一人、首席審査官四人及び首席入国警備官一人を置く。
総務課は、次に掲げる事務（東京出入国在留管理局、名古屋出入国在留管理局及び大阪出入国在留管理局の総務課においては第五号から第十一号までに掲げる事務を、福岡出入国在留管理局の総務課においては第六号から第九号まで及び第十一号に掲げる事務を除く。）をつかさどる。
公印の保管に関すること。
公文書類の接受、発送、編集及び保存に関すること。
渉外、広報及び行政相談に関すること。
職員の任免、給与、懲戒、服務その他の人事に関すること。
予算、決算及び会計並びに会計の監査に関すること。
債権に関すること。
保管金に関すること。
地方出入国在留管理局所属の行政財産及び物品の管理に関すること。
職員の福利厚生に関すること。
職員の安全管理に関すること。
入国者収容所等視察委員会の庶務に関すること（東京出入国在留管理局及び大阪出入国在留管理局に限る。）。
統計報告に関すること。
前各号に掲げるもののほか、地方出入国在留管理局の所掌事務で他の所掌に属しないものに関すること。
会計課は、第二条第六号から第九号まで及び第十一号に掲げる事務（東京出入国在留管理局の会計課においては第九号及び第十一号に掲げる事務を除く。）をつかさどる。
診療室は、次に掲げる事務をつかさどる。
医療、防疫、保健及び衛生に関すること。
医療品及び衛生材料の受払及び保管に関すること。