Where appropriation of a refund under Article 53, paragraph (1) or (2) of the Act (including the interest on refund relating thereto; the same applies in the following paragraph) to unpaid national tax and expenses for the delinquent tax collection procedure is made, the appropriation is to be made in the order of the following items:
If there is consumption tax on taxable transfers, etc. of assets and specified taxable purchases for the taxable period relating to the interim payment that formed the basis for calculating that refund that is to be paid through the submission of an amended return or reassessment (excluding the interim payment), the appropriation is made to that consumption tax;
If, even after the appropriation under the preceding item, there is still an amount to be refunded and there is an unpaid interim payment prescribed in that item, the refund is appropriated to that unpaid interim payment; in this case, if there are unpaid interim payments with different statutory payment due dates (meaning the statutory payment due date prescribed in Article 2, item (viii) (Definitions) of the Act on General Rules for National Taxes; hereinafter in this Article through Article 70 referred to as the "statutory payment due date"), the refund is appropriated to those of the unpaid interim payments that are obtained by going back, starting from the one whose statutory payment due date is closest to the day of the refund and proceeding in order, until the amount to be refunded is reached;
If, even after the appropriation under the preceding two items, there is still an amount to be refunded, the refund is appropriated to other unpaid national tax and expenses for the delinquent tax collection procedure.
Where there are both a refund under Article 52, paragraph (1) of the Act (including the interest on refund relating thereto; the same applies hereinafter in this paragraph) relating to consumption tax on taxable transfers, etc. of assets and specified taxable purchases for the taxable period and a refund under Article 53, paragraph (1) or (2) of the Act, and appropriation of those refunds to the unpaid consumption tax on taxable transfers, etc. of assets and specified taxable purchases for the taxable period is made, the appropriation is to be made first from the refund specified in the relevant item, according to the category of cases listed in the following items:
in the case of appropriation to the consumption tax prescribed in Article 65, item (i): the refund under Article 52, paragraph (1) of the Act;
in the case of appropriation to the interim payment: the refund under Article 53, paragraph (1) or (2) of the Act.
定義第一条第一項
それぞれ消費税法（以下「法」という。）第二条第一項に規定する国内、保税地域、個人事業者、事業者、国外事業者、合併法人、被合併法人、分割法人、分割承継法人、人格のない社団等、適格請求書発行事業者、資産の譲渡等、特定資産の譲渡等、電気通信利用役務の提供、課税資産の譲渡等、軽減対象課税資産の譲渡等、外国貨物、課税貨物、軽減対象課税貨物、課税仕入れ、事業年度、基準期間、棚卸資産、調整対象固定資産、確定申告書等、特例申告書、附帯税又は中間納付額
わかりやすく言うと
中間申告書を出した人が、そこに記載した金額として消費税法第四十八条により納める消費税の額のことです。修正申告書の提出や更正・再更正があったときは、その後の額になります。
定義第四十条第一項
法第五条第一項に規定する特定課税仕入れ
わかりやすく言うと
課税仕入れのうち特定仕入れ、つまり事業として他の者から受けた特定資産の譲渡等に当たるもののことです（消費税法第五条第一項・第四条第一項）。
略称規定第六十四条第一項・この章の中だけ
…当該不足額が過大であると認められる事由がある場合を除き、遅滞なく、法第五十二条第一項の規定による還付又は国税通則法第五十七条第一項（充当）の規定による充当（以下この章において「充当」という。）の手続をしなければならない。
わかりやすく言うと
還付金などを受け取るべき人に納めるべき国税があるとき、還付する代わりに、その還付金などをその国税に充てることです（国税通則法第五十七条第一項）。
定義第六十五条第一項・この章の中だけ
同条第二項に規定する還付加算金
わかりやすく言うと
消費税の還付金を還付したり未納の国税に充当したりするとき、還付金に加えられる金額で、一定の期間の日数に応じて計算されるものです（国税通則法第五十八条第一項、消費税法第五十二条第二項）。
定義第六十五条第一項第一号・この規定及び第六十八条第一項第一号の中だけ
国税通則法第十九条第三項（修正申告）に規定する修正申告書
わかりやすく言うと
先に出した納税申告書の税額が少なすぎたときなどに、その課税標準や税額を直すために税務署長に出す申告書のことです（国税通則法第十九条）。
定義第六十五条第一項第一号・この規定及び第六十八条第一項第一号の中だけ
同法第二十四条（更正）又は第二十六条（再更正）の規定による更正
わかりやすく言うと
納税申告書の課税標準等や税額等が法律どおりでないときや調査と異なるときに、税務署長が調査によりそれを正すこと（国税通則法第二十四条）と、一度した更正や決定の後にさらに正すこと（国税通則法第二十六条）です。
略称規定第六十八条第一項第二号・この条及び第六十九条及び第七十条の中だけ
この場合において、国税通則法第二条第八号（定義）に規定する法定納期限（以下この条から第七十条までにおいて「法定納期限」という。）を異にする未納の中間納付額があるときは…
わかりやすく言うと
国税に関する法律の規定で国税を納めるべきとされている期限のことです（国税通則法第二条第八号）。繰上げや延納、納税の猶予などに係る期限は含まれず、国税の種類によって特別の定めがあります。