第六十五条（還付すべき仕入れに係る消費税額の充当の順序）
Article 65Order of Appropriation of Consumption Tax on Purchases to Be Refunded
Where appropriation of a refund under Article 52, paragraph (1) of the Act (including the interest on refund relating thereto (meaning the interest on refund prescribed in paragraph (2) of that Article; the same applies hereinafter in this Chapter)) to unpaid national tax and expenses for the delinquent tax collection procedure is made, the appropriation is to be made in the order of the following items:
If there is consumption tax on taxable transfers, etc. of assets and specified taxable purchases for the taxable period that is to be paid through the submission of an amended return (meaning an amended return prescribed in Article 19, paragraph (3) (Amended Return) of the Act on General Rules for National Taxes; the same applies in Article 68, paragraph (1), item (i)) or through reassessment (meaning reassessment under Article 24 (Reassessment) or Article 26 (Reassessment of Previous Reassessment) of that Act; the same applies in Article 68, paragraph (1), item (i)) (excluding the interim payment), the appropriation is made to that consumption tax;
その課税期間の課税資産の譲渡等及び特定課税仕入れに係る消費税で修正申告書（国税通則法第十九条第三項（修正申告）に規定する修正申告書をいう。第六十八条第一項第一号において同じ。）の提出又は更正（同法第二十四条（更正）又は第二十六条（再更正）の規定による更正をいう。第六十八条第一項第一号において同じ。）により納付すべきもの（中間納付額を除く。）があるときは、当該消費税に充当する。
If, even after the appropriation under the preceding item, there is still an amount to be refunded, the refund is appropriated to other unpaid national tax and expenses for the delinquent tax collection procedure.
定義第一条第一項
それぞれ消費税法（以下「法」という。）第二条第一項に規定する国内、保税地域、個人事業者、事業者、国外事業者、合併法人、被合併法人、分割法人、分割承継法人、人格のない社団等、適格請求書発行事業者、資産の譲渡等、特定資産の譲渡等、電気通信利用役務の提供、課税資産の譲渡等、軽減対象課税資産の譲渡等、外国貨物、課税貨物、軽減対象課税貨物、課税仕入れ、事業年度、基準期間、棚卸資産、調整対象固定資産、確定申告書等、特例申告書、附帯税又は中間納付額
わかりやすく言うと
中間申告書を出した人が、そこに記載した金額として消費税法第四十八条により納める消費税の額のことです。修正申告書の提出や更正・再更正があったときは、その後の額になります。
定義第四十条第一項
法第五条第一項に規定する特定課税仕入れ
わかりやすく言うと
課税仕入れのうち特定仕入れ、つまり事業として他の者から受けた特定資産の譲渡等に当たるもののことです（消費税法第五条第一項・第四条第一項）。
略称規定第六十四条第一項・この章の中だけ
…当該不足額が過大であると認められる事由がある場合を除き、遅滞なく、法第五十二条第一項の規定による還付又は国税通則法第五十七条第一項（充当）の規定による充当（以下この章において「充当」という。）の手続をしなければならない。
わかりやすく言うと
還付金などを受け取るべき人に納めるべき国税があるとき、還付する代わりに、その還付金などをその国税に充てることです（国税通則法第五十七条第一項）。
定義第六十五条第一項・この章の中だけ
同条第二項に規定する還付加算金
わかりやすく言うと
消費税の還付金を還付したり未納の国税に充当したりするとき、還付金に加えられる金額で、一定の期間の日数に応じて計算されるものです（国税通則法第五十八条第一項、消費税法第五十二条第二項）。
定義第六十五条第一項第一号・この規定及び第六十八条第一項第一号の中だけ
国税通則法第十九条第三項（修正申告）に規定する修正申告書
わかりやすく言うと
先に出した納税申告書の税額が少なすぎたときなどに、その課税標準や税額を直すために税務署長に出す申告書のことです（国税通則法第十九条）。
定義第六十五条第一項第一号・この規定及び第六十八条第一項第一号の中だけ
同法第二十四条（更正）又は第二十六条（再更正）の規定による更正
わかりやすく言うと
納税申告書の課税標準等や税額等が法律どおりでないときや調査と異なるときに、税務署長が調査によりそれを正すこと（国税通則法第二十四条）と、一度した更正や決定の後にさらに正すこと（国税通則法第二十六条）です。