個人の各年分の復興特別所得税につき更正（当該復興特別所得税についての処分等（更正の請求に対する処分又は国税通則法第二十五条の規定による決定をいう。）に係る不服申立て又は訴えについての決定若しくは裁決又は判決を含む。以下この項及び第三項において「更正等」という。）があった場合において、その更正等により第十七条第二項第一号に掲げる金額が増加したときは、税務署長は、その個人に対し、その増加した部分の金額に相当する復興特別所得税を還付する。
前項の場合において、同項の規定による還付金の額の計算の基礎となった第十七条第二項第一号に規定する源泉徴収特別税額のうちにまだ納付されていないものがあるときは、前項の規定による還付金の額のうちその納付されていない部分の金額に相当する金額については、その納付があるまでは、還付しない。
個人の各年分の復興特別所得税につき更正等があった場合において、その更正等により第十七条第二項第二号に掲げる金額が増加したときは、税務署長は、その個人に対し、その増加した部分の金額に相当する同号に規定する予納特別税額（次項において「予納特別税額」という。）を還付する。
前各項（第二項を除く。）の規定により復興特別所得税を還付する場合において、所得税法第百五十九条又は第百六十条（これらの規定を同法第百六十八条において準用する場合を含む。）の規定により還付する年分が同一である所得税があるときは、当該復興特別所得税は、当該所得税に併せて還付するものとする。
所得税法第百五十九条第三項及び第四項並びに第百六十条第三項から第五項まで（これらの規定を同法第百六十八条において準用する場合を含む。）の規定は、第一項から第五項までの規定により還付する復興特別所得税について準用する。
この節の規定により課する復興特別所得税（附帯税を除く。次項及び第三項において同じ。）の課税標準の端数計算については、国税通則法第百十八条の規定にかかわらず、その課税標準に一円未満の端数があるとき、又はその全額が一円未満であるときは、その端数金額又はその全額を切り捨てる。
この節の規定により納付すべき復興特別所得税の確定金額の端数計算及び当該復興特別所得税の基準所得税額である所得税（附帯税を除く。次項において同じ。）の確定金額の端数計算については、国税通則法第百十九条の規定にかかわらず、これらの確定金額の合計額によって行い、当該合計額に百円未満の端数があるとき、又はその全額が百円未満であるときは、その端数金額又はその全額を切り捨てる。
この節の規定により還付すべき復興特別所得税及び所得税に係る還付金等（国税通則法第五十六条第一項に規定する還付金等をいう。次条第一項及び第三十一条第三項において同じ。）の額の端数計算については、復興特別所得税及び所得税を一の税とみなしてこれを行う。
この節の規定により還付すべき復興特別所得税及び所得税に係る還付加算金の計算については、その年分の復興特別所得税及び所得税に係る還付金の合計額又は復興特別所得税及び所得税に係る過誤納金の合計額によって行い、算出された還付加算金をその計算の基礎となった復興特別所得税及び所得税に係る還付金の額又は復興特別所得税及び所得税に係る過誤納金の額にそれぞれ按分した額に相当する金額を復興特別所得税又は所得税に係る還付加算金の額とする。
第三節 法人の納税義務
法人に対して課する復興特別所得税の課税標準は、その法人の基準所得税額とする。
法人に対して課する復興特別所得税の額は、その法人の基準所得税額に百分の二・一の税率を乗じて計算した金額とする。