沖縄島、宮古島、石垣島、久米島若しくは下地島と沖縄県の区域以外の本邦の地域（その地域の全部又は一部が離島振興法第二条第一項の規定により指定された同項の離島振興対策実施地域に含まれる島及び奄美群島振興開発特別措置法（昭和二十九年法律第百八十九号）第一条に規定する奄美群島の区域に含まれる島を除く。以下この項及び次条第一項において「沖縄以外の本邦の地域」という。）との間を航行する航空機燃料税法第二条第一号に規定する航空機（同法第七条に規定する外国往来機で同条に規定する有償の国内運送の用に供されていないものを除く。以下この条及び次条において「航空機」という。）又は沖縄県の区域内の各地間を航行する航空機で、航空法第百条第一項に規定する許可を受けた者が行う運送の用に供されるもの（沖縄県の区域内に所在する飛行場又は沖縄以外の本邦の地域に所在する飛行場を離陸した後、天候その他やむを得ない理由により、同法第九十七条第一項又は第二項の規定により、当該離陸前に国土交通大臣の承認を受けた、又は通報した飛行計画において最初の着陸地とした飛行場と異なる飛行場に着陸することとなつた航空機その他政令で定めるものを含む。以下この条及び次条において「沖縄路線航空機」という。）に、令和十年三月三十一日までに積み込まれる航空機燃料に係る航空機燃料税の税率は、航空機燃料税法第十一条及び前条の規定にかかわらず、航空機燃料一キロリットルにつき九千円とする。
航空機燃料税法第七条に規定する外国往来機で同条に規定する有償の国内運送の用に供されていないものが、令和十年三月三十一日までに、沖縄路線航空機となる場合における同条の規定の適用については、同条中「当該航空機に積み込まれたものとみなす」とあるのは、「当該航空機に積み込まれたものとみなす。この場合において、当該航空機燃料に係る航空機燃料税の税率は、第十一条及び租税特別措置法第九十条の八（航空機燃料税の税率の特例）の規定にかかわらず、同法第九十条の八の二第一項（沖縄路線航空機に積み込まれる航空機燃料に係る航空機燃料税の税率の特例）に規定する税率とする」とする。