次に掲げる場合には、改正法第二条の規定による改正後の日本国との平和条約に基づき日本の国籍を離脱した者等の出入国管理に関する特例法（平成三年法律第七十一号。以下「新入管特例法」という。）第十六条の二第十六項の規定にかかわらず、手数料を納付することを要しない。
施行日前に交付された特別永住者証明書（出入国管理及び難民認定法及び日本国との平和条約に基づき日本の国籍を離脱した者等の出入国管理に関する特例法の一部を改正する等の法律（平成二十一年法律第七十九号）附則第二十八条第一項の規定により特別永住者証明書とみなされる同法第四条の規定による廃止前の外国人登録法（昭和二十七年法律第百二十五号）に規定する外国人登録証明書（以下「みなし特別永住者証明書」という。）を含む。）を所持する特別永住者が、新入管特例法第十六条の二第一項若しくは第二項（日本国との平和条約に基づき日本の国籍を離脱した者等の出入国管理に関する特例法（以下「入管特例法」という。）第十条第五項の規定により同条第二項の規定による届出とみなされる同条第五項の届出に係る部分に限る。）の規定による申請又は当該申請に併せてされた新入管特例法第十六条の二第四項の規定による申出に基づき同条第六項、第七項又は第九項の規定により特定特別永住者証明書の交付を受けるとき。
施行日前に交付された特別永住者証明書（みなし特別永住者証明書を含む。）を所持する特別永住者であって、新入管特例法第十六条の二第一項の規定による申請を行ったものが、同条第十項の規定により特定特別永住者証明書を交付されず、当該申請に係る入管特例法第十一条第一項の規定による届出又は新入管特例法第十二条第一項若しくは入管特例法第十四条第一項若しくは第三項の規定による申請に係る特別永住者証明書の交付を受けた場合において、新入管特例法第十六条の二第一項（入管特例法第十四条第一項後段の規定による申請に係る部分に限る。）の規定による申請（当該特別永住者証明書の交付の日において行うものに限る。）又は当該申請に併せてされた新入管特例法第十六条の二第四項の規定による申出に基づき同条第六項又は第九項の規定により特定特別永住者証明書の交付を受けるとき。
施行日前に入管特例法第五条第一項に規定する者で同項の規定による許可の申請をしたものが、施行日後に当該申請に係る特別永住者証明書の交付を受けた場合において、新入管特例法第十六条の二第一項（入管特例法第十四条第一項後段の規定による申請に係る部分に限る。）の規定による申請（当該特別永住者証明書の交付の日において行うものに限る。）又は当該申請に併せてされた新入管特例法第十六条の二第四項の規定による申出に基づき同条第六項又は第九項の規定により特定特別永住者証明書の交付を受けるとき。
施行日前に入管特例法第十一条第一項の規定による届出又は改正法第二条の規定による改正前の入管特例法第十二条第一項若しくは入管特例法第十三条第一項若しくは第十四条第一項若しくは第三項の規定による申請をした者が、施行日後に当該届出又は申請に係る特別永住者証明書の交付を受けた場合において、新入管特例法第十六条の二第一項（入管特例法第十四条第一項後段の規定による申請に係る部分に限る。）の規定による申請（当該特別永住者証明書の交付の日において行うものに限る。）又は当該申請に併せてされた新入管特例法第十六条の二第四項の規定による申出に基づき同条第六項又は第九項の規定により特定特別永住者証明書の交付を受けるとき。