①恒久的施設を有する非居住者の平成二十九年以後の各年において、当該非居住者の事業場等（所得税法第百六十一条第一項第一号に規定する事業場等をいう。第五項及び第二十六項において同じ。）と恒久的施設との間の同号に規定する内部取引（以下この条において「内部取引」という。）の対価の額とした額（第二十二項及び第二十三項において「内部取引価格」という。）が独立企業間価格と異なることにより、当該非居住者の各年分の同法第百六十四条第一項第一号イに掲げる国内源泉所得につき同法第百六十五条第一項の規定により準じて計算した同法第二条第一項第二十二号に規定する各種所得の金額の計算上、収入金額とすべき金額若しくは総収入金額に算入すべき金額が過少となるとき、又は必要経費に算入すべき金額若しくは支出した金額に算入すべき金額が過大となるときは、当該非居住者のその年分の同法第百六十四条第一項第一号イに掲げる国内源泉所得に係る所得に係る同法その他所得税に関する法令の規定の適用については、当該内部取引は、独立企業間価格によるものとする。

②前項に規定する独立企業間価格とは、内部取引が次の各号に掲げる取引のいずれに該当するかに応じ当該各号に定める方法のうち、当該内部取引の内容及び当該内部取引の当事者が果たす機能その他の事情を勘案して、当該内部取引が独立の事業者の間で通常の取引の条件に従つて行われるとした場合に当該内部取引の対価の額とされるべき額を算定するための最も適切な方法により算定した金額をいう。

③その年において内部取引がある非居住者は、当該内部取引に係る第一項に規定する独立企業間価格を算定するために必要と認められる書類として財務省令で定める書類（その作成に代えて電磁的記録（電子的方式、磁気的方式その他の人の知覚によつては認識することができない方式で作られる記録であつて、電子計算機による情報処理の用に供されるものをいう。以下この条において同じ。）の作成がされている場合における当該電磁的記録を含む。）を、その年分の所得税に係る確定申告期限までに作成し、又は取得し、財務省令で定めるところにより保存しなければならない。

④非居住者のその年の前年の内部取引（当該非居住者がその年において恒久的施設を有することとなつた場合には、その年の内部取引）が次のいずれにも該当する場合又はその年の前年の内部取引がない場合として政令で定める場合には、当該非居住者のその年の内部取引に係る第一項に規定する独立企業間価格を算定するために必要と認められる書類については、前項の規定は、適用しない。

⑤恒久的施設を有する非居住者の各年における当該非居住者の事業場等と恒久的施設との間の特定無形資産内部取引（内部取引のうち、特定無形資産（内部取引の時において評価することが困難な無形資産として政令で定めるものをいう。以下この項において同じ。）の譲渡若しくは貸付け（特定無形資産に係る権利の設定その他他の者に特定無形資産を使用させる一切の行為を含む。）又はこれらに類似する取引に相当するものをいう。以下この項において同じ。）について、当該特定無形資産内部取引の対価の額とした額を算定するための前提となつた事項（当該特定無形資産内部取引の時に当該非居住者が予測したものに限る。）についてその内容と相違する事実が判明した場合には、税務署長は、第二項各号に掲げる取引のいずれに該当するかに応じ当該各号に定める方法のうち、当該特定無形資産内部取引の内容及び当該特定無形資産内部取引の当事者が果たす機能その他の事情（当該相違する事実及びその相違することとなつた事由の発生の可能性（当該特定無形資産内部取引の時における客観的な事実に基づいて計算されたものであることその他の政令で定める要件を満たすものに限る。）を含む。）を勘案して、当該特定無形資産内部取引が独立の事業者の間で通常の取引の条件に従つて行われるとした場合に当該特定無形資産内部取引の対価の額とされるべき額を算定するための最も適切な方法により算定した金額を第一項に規定する独立企業間価格とみなして、当該非居住者のその年分の所得税法第百六十四条第一項第一号イに掲げる国内源泉所得につき同法第百六十五条第一項の規定により同法第二十二条の規定に準じて計算した金額又は同法第二条第一項第二十五号に規定する純損失の金額につき同項第四十三号に規定する更正（以下この条において「更正」という。）又は同項第四十四号に規定する決定（第九項、第十一項及び第二十二項において「決定」という。）をすることができる。ただし、当該特定無形資産内部取引の対価の額とした額とこの項本文の規定を適用したならば第一項に規定する独立企業間価格とみなされる金額とが著しく相違しない場合として政令で定める場合に該当するときは、この限りでない。

⑥前項本文の規定は、非居住者が同項の特定無形資産内部取引に係る次に掲げる事項の全てを記載した書類（その作成に代えて電磁的記録の作成がされている場合における当該電磁的記録を含む。）を作成し、又は取得している場合には、適用しない。

⑦第五項本文の規定は、非居住者に係る同項の特定無形資産内部取引に係る判定期間（当該非居住者と特殊の関係にない者から受ける同項の特定無形資産の使用その他の行為による収入が最初に生じた日（その日が当該特定無形資産内部取引が行われた日前である場合には、当該特定無形資産内部取引が行われた日）の属する年の一月一日から五年を経過する日までの期間をいう。以下この項において同じ。）に当該特定無形資産の使用その他の行為により生ずることが予測された利益の額と当該判定期間に当該特定無形資産の使用その他の行為により生じた利益の額とが著しく相違しない場合として政令で定める場合に該当するときは、当該判定期間を経過する日後において、当該特定無形資産内部取引については、適用しない。

⑧国税庁の当該職員又は非居住者の納税地の所轄税務署若しくは所轄国税局の当該職員が非居住者に前二項の規定の適用があることを明らかにする書類（その作成又は保存に代えて電磁的記録の作成又は保存がされている場合における当該電磁的記録を含む。以下この項において同じ。）又はその写しの提示又は提出を求めた場合において、その提示又は提出を求めた日から六十日（その求めた書類又はその写しが同時文書化対象内部取引（第四項の規定の適用がある内部取引以外の内部取引をいう。次項及び第十三項において同じ。）に係る第三項に規定する財務省令で定める書類（その作成又は保存に代えて電磁的記録の作成又は保存がされている場合における当該電磁的記録を含む。次項及び第十三項において同じ。）又はその写しに該当する場合には、その提示又は提出を求めた日から四十五日）を超えない範囲内においてその求めた書類又はその写しの提示又は提出の準備に通常要する日数を勘案して当該職員が指定する日までにこれらの提示又は提出がなかつたときは、前二項の規定の適用はないものとする。

⑨国税庁の当該職員又は非居住者の納税地の所轄税務署若しくは所轄国税局の当該職員が、非居住者に同時文書化対象内部取引に係る第三項に規定する財務省令で定める書類若しくはその写しの提示若しくは提出を求めた場合においてその提示若しくは提出を求めた日から四十五日を超えない範囲内においてその求めた書類若しくはその写しの提示若しくは提出の準備に通常要する日数を勘案して当該職員が指定する日までにこれらの提示若しくは提出がなかつたとき、又は非居住者に同時文書化対象内部取引に係る第一項に規定する独立企業間価格（第五項本文の規定により当該独立企業間価格とみなされる金額を含む。）を算定するために重要と認められる書類として財務省令で定める書類（その作成又は保存に代えて電磁的記録の作成又は保存がされている場合における当該電磁的記録を含む。以下この項及び第十三項において同じ。）若しくはその写しの提示若しくは提出を求めた場合においてその提示若しくは提出を求めた日から六十日を超えない範囲内においてその求めた書類若しくはその写しの提示若しくは提出の準備に通常要する日数を勘案して当該職員が指定する日までにこれらの提示若しくは提出がなかつたときは、税務署長は、次の各号に掲げる方法（第二号に掲げる方法は、第一号に掲げる方法を用いることができない場合に限り、用いることができる。）により算定した金額を第一項に規定する独立企業間価格と推定して、当該非居住者のその年分の所得税法第百六十四条第一項第一号イに掲げる国内源泉所得につき同法第百六十五条第一項の規定により同法第二十二条の規定に準じて計算した金額又は同法第二条第一項第二十五号に規定する純損失の金額につき更正又は決定をすることができる。ただし、その年分において、当該同時文書化対象内部取引につき第五項又は第六項の規定の適用がある場合は、この限りでない。

⑩前項本文の規定は、同項の同時文書化対象内部取引につき第七項の規定の適用がある場合には、同項に規定する経過する日後は、適用しない。

⑪国税庁の当該職員又は非居住者の納税地の所轄税務署若しくは所轄国税局の当該職員が、非居住者に同時文書化免除内部取引（第四項の規定の適用がある内部取引をいう。以下この項及び第十四項において同じ。）に係る第一項に規定する独立企業間価格（第五項本文の規定により当該独立企業間価格とみなされる金額を含む。）を算定するために重要と認められる書類として財務省令で定める書類（その作成又は保存に代えて電磁的記録の作成又は保存がされている場合における当該電磁的記録を含む。以下この項及び第十四項において同じ。）又はその写しの提示又は提出を求めた場合において、その提示又は提出を求めた日から六十日を超えない範囲内においてその求めた書類又はその写しの提示又は提出の準備に通常要する日数を勘案して当該職員が指定する日までにこれらの提示又は提出がなかつたときは、税務署長は、第九項各号に掲げる方法（同項第二号に掲げる方法は、同項第一号に掲げる方法を用いることができない場合に限り、用いることができる。）により算定した金額を第一項に規定する独立企業間価格と推定して、当該非居住者のその年分の所得税法第百六十四条第一項第一号イに掲げる国内源泉所得につき同法第百六十五条第一項の規定により同法第二十二条の規定に準じて計算した金額又は同法第二条第一項第二十五号に規定する純損失の金額につき更正又は決定をすることができる。ただし、その年分において、当該同時文書化免除内部取引につき第五項又は第六項の規定の適用がある場合は、この限りでない。

⑫前項本文の規定は、同項の同時文書化免除内部取引につき第七項の規定の適用がある場合には、同項に規定する経過する日後は、適用しない。

⑬国税庁の当該職員又は非居住者の納税地の所轄税務署若しくは所轄国税局の当該職員は、非居住者に同時文書化対象内部取引に係る第三項に規定する財務省令で定める書類若しくはその写しの提示若しくは提出を求めた場合においてその提示若しくは提出を求めた日から四十五日を超えない範囲内においてその求めた書類若しくはその写しの提示若しくは提出の準備に通常要する日数を勘案して当該職員が指定する日までにこれらの提示若しくは提出がなかつたとき、又は非居住者に同時文書化対象内部取引に係る第九項に規定する独立企業間価格を算定するために重要と認められる書類として財務省令で定める書類若しくはその写しの提示若しくは提出を求めた場合においてその提示若しくは提出を求めた日から六十日を超えない範囲内においてその求めた書類若しくはその写しの提示若しくは提出の準備に通常要する日数を勘案して当該職員が指定する日までにこれらの提示若しくは提出がなかつたときに、当該非居住者の同時文書化対象内部取引に係る第一項に規定する独立企業間価格を算定するために必要があるときは、その必要と認められる範囲内において、当該非居住者の当該同時文書化対象内部取引に係る事業と同種の事業を営む者に質問し、当該事業に関する帳簿書類（その作成又は保存に代えて電磁的記録の作成又は保存がされている場合における当該電磁的記録を含む。以下この条において同じ。）を検査し、又は当該帳簿書類（その写しを含む。）の提示若しくは提出を求めることができる。

⑭国税庁の当該職員又は非居住者の納税地の所轄税務署若しくは所轄国税局の当該職員は、非居住者に同時文書化免除内部取引に係る第十一項に規定する財務省令で定める書類又はその写しの提示又は提出を求めた場合において、その提示又は提出を求めた日から六十日を超えない範囲内においてその求めた書類又はその写しの提示又は提出の準備に通常要する日数を勘案して当該職員が指定する日までにこれらの提示又は提出がなかつたときに、当該非居住者の同時文書化免除内部取引に係る第一項に規定する独立企業間価格を算定するために必要があるときは、その必要と認められる範囲内において、当該非居住者の当該同時文書化免除内部取引に係る事業と同種の事業を営む者に質問し、当該事業に関する帳簿書類を検査し、又は当該帳簿書類（その写しを含む。）の提示若しくは提出を求めることができる。

⑮国税庁の当該職員又は非居住者の納税地の所轄税務署若しくは所轄国税局の当該職員は、非居住者の内部取引に係る第一項に規定する独立企業間価格を算定するために必要があるときは、前二項の規定に基づき提出された帳簿書類（その写しを含む。）を留め置くことができる。

⑯前三項の規定による当該職員の権限は、犯罪捜査のために認められたものと解してはならない。

⑰国税庁、国税局又は税務署の当該職員は、第十三項又は第十四項の規定による質問、検査又は提示若しくは提出の要求をする場合には、その身分を示す証明書を携帯し、関係人の請求があつたときは、これを提示しなければならない。

⑱次の各号のいずれかに該当する場合には、その違反行為をした者は、三十万円以下の罰金に処する。

⑲法人（人格のない社団等（法人税法第二条第八号に規定する人格のない社団等をいう。以下この項及び次項において同じ。）を含む。以下この項において同じ。）の代表者（人格のない社団等の管理人を含む。）又は法人若しくは人の代理人、使用人その他の従業者が、その法人又は人の業務に関して前項の違反行為をしたときは、その行為者を罰するほか、その法人又は人に対して同項の刑を科する。

⑳人格のない社団等について前項の規定の適用がある場合には、その代表者又は管理人がその訴訟行為につきその人格のない社団等を代表するほか、法人を被告人又は被疑者とする場合の刑事訴訟に関する法律の規定を準用する。

（二十一）非居住者の内部取引につき第一項の規定の適用があつた場合において、同項の規定の適用に関し国税通則法第二十三条第一項第一号又は第三号に掲げる事由が生じたときの同項（第二号を除く。）の規定の適用については、同項中「五年」とあるのは、「七年」とする。

（二十二）更正若しくは決定（以下この項において「更正決定」という。）又は国税通則法第三十二条第五項に規定する賦課決定（以下この条において「賦課決定」という。）で次の各号に掲げるものは、同法第七十条第一項の規定にかかわらず、当該各号に定める期限又は日から七年を経過する日まで、することができる。この場合において、同条第三項及び第四項並びに同法第七十一条第一項の規定の適用については、同法第七十条第三項中「の規定により」とあるのは「及び租税特別措置法第四十条の三の三第二十二項（非居住者の内部取引に係る課税の特例）の規定により」と、「、前二項」とあるのは「、前二項及び同条第二十二項」と、同条第四項中「の規定により」とあるのは「及び租税特別措置法第四十条の三の三第二十二項の規定により」と、「、第一項」とあるのは「、第一項及び同法第四十条の三の三第二十二項」と、同法第七十一条第一項中「日が前条」とあるのは「日が前条及び租税特別措置法第四十条の三の三第二十二項（非居住者の内部取引に係る課税の特例）」と、「同条」とあるのは「前条及び同項」と、同項第四号ロ中「前条」とあるのは「前条及び租税特別措置法第四十条の三の三第二十二項」とする。

（二十三）非居住者が内部取引価格を第一項に規定する独立企業間価格と異なる額としたことに伴い納付すべき税額が過少となり、又は国税通則法第二条第六号に規定する還付金の額が過大となつた所得税に係る同法第七十二条第一項に規定する国税の徴収権の時効は、同法第七十三条第三項の規定の適用がある場合を除き、当該所得税の同法第七十二条第一項に規定する法定納期限（同法第七十条第三項の規定による更正若しくは賦課決定又は同条第四項の規定による賦課決定に係るものを除く。）から二年間は、進行しない。

（二十四）前項の場合においては、国税通則法第七十三条第三項ただし書の規定を準用する。

（二十五）第二十二項の規定により読み替えて適用される国税通則法第七十条第三項の規定による更正若しくは賦課決定又は同条第四項の規定による賦課決定により納付すべき所得税に係る同法第七十二条第一項の規定の適用については、同項中「（第七十条第三項」とあるのは「（租税特別措置法第四十条の三の三第二十二項（非居住者の内部取引に係る課税の特例）の規定により読み替えて適用される第七十条第三項」と、「、第七十条第三項」とあるのは「、同法第四十条の三の三第二十二項の規定により読み替えて適用される第七十条第三項」と、「第七十条第四項」とあるのは「同法第四十条の三の三第二十二項の規定により読み替えて適用される第七十条第四項」とする。

（二十六）第一項の規定の適用がある場合において、非居住者の恒久的施設と当該非居住者（所得税法第二条第一項第八号の四ただし書に規定する条約（以下この項及び次条第一項において「租税条約」という。）の規定により租税条約の我が国以外の締約国又は締約者（以下この項及び次条第一項において「条約相手国等」という。）の居住者とされるものに限る。）の事業場等との間の内部取引に係る第一項に規定する独立企業間価格につき財務大臣が当該条約相手国等の権限ある当局との間で当該租税条約に基づく合意をしたことその他の政令で定める要件を満たすときは、国税局長又は税務署長は、政令で定めるところにより、当該非居住者が同項の規定の適用により納付すべき所得税に係る延滞税のうちその計算の基礎となる期間で財務大臣が当該条約相手国等の権限ある当局との間で合意をした期間に対応する部分に相当する金額を免除することができる。

（二十七）第二項第一号イに規定する特殊の関係が存在するかどうかの判定に関する事項その他第一項から第十二項まで及び第十五項の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。

①非居住者が租税条約の規定に基づき当該租税条約の条約相手国等の権限ある当局又は国税庁長官に対し当該租税条約に規定する申立てをした場合には、税務署長等（国税通則法第四十六条第一項に規定する税務署長等をいう。以下この条において同じ。）は、当該申立てに係る前条第二十二項第一号に掲げる更正決定により納付すべき所得税の額（当該申立てに係る条約相手国等との間の租税条約に規定する協議の対象となるものに限る。）及び当該所得税の額に係る同法第六十九条に規定する加算税の額として政令で定めるところにより計算した金額を限度として、当該申立てをした者の申請に基づき、その納期限（同法第三十七条第一項に規定する納期限をいい、当該申請が当該納期限後であるときは当該申請の日とする。）から当該条約相手国等の権限ある当局との間の合意に基づく同法第二十六条の規定による更正があつた日（当該合意がない場合その他の政令で定める場合にあつては、政令で定める日）の翌日から一月を経過する日までの期間（第七項において「納税の猶予期間」という。）に限り、その納税を猶予することができる。ただし、当該申請を行う者につき当該申請の時において当該所得税の額以外の国税の滞納がある場合は、この限りでない。

②税務署長等は、前項の規定による納税の猶予（以下この条において「納税の猶予」という。）をする場合には、その猶予に係る金額に相当する担保を徴さなければならない。ただし、その猶予に係る税額が百万円以下である場合、その猶予の期間が三月以内である場合又は担保を徴することができない特別の事情がある場合は、この限りでない。

③国税通則法第四十六条第六項の規定は、前項の規定により担保を徴する場合について準用する。

④国税通則法第四十七条及び第四十八条の規定は、納税の猶予をする場合又は納税の猶予を認めない場合について準用する。この場合において、同法第四十七条第一項中「第四十六条（納税の猶予の要件等）」とあるのは「租税特別措置法第四十条の三の四第一項（内部取引に係る課税の特例に係る納税の猶予）」と、同条第二項中「前条第一項から第四項までの規定による申請書の提出があつた」とあるのは「租税特別措置法第四十条の三の四第一項の申請がされた」と読み替えるものとする。

⑤納税の猶予を受けた者が次の各号のいずれかに該当する場合には、税務署長等は、その猶予を取り消すことができる。この場合においては、国税通則法第四十九条第二項及び第三項の規定を準用する。

⑥納税の猶予を受けた所得税についての国税通則法及び国税徴収法の規定の適用については、国税通則法第二条第八号中「納税の猶予又は」とあるのは「納税の猶予（租税特別措置法第四十条の三の四第一項（内部取引に係る課税の特例に係る納税の猶予）の規定による納税の猶予を含む。）又は」と、同法第五十二条第一項中「及び納税の猶予」とあるのは「及び納税の猶予（租税特別措置法第四十条の三の四第一項（内部取引に係る課税の特例に係る納税の猶予）の規定による納税の猶予を含む。以下この項において同じ。）」と、同法第五十五条第一項第一号及び第七十三条第四項中「納税の猶予」とあるのは「納税の猶予（租税特別措置法第四十条の三の四第一項（内部取引に係る課税の特例に係る納税の猶予）の規定による納税の猶予を含む。）」と、国税徴収法第二条第九号中「納税の猶予又は」とあるのは「納税の猶予（租税特別措置法第四十条の三の四第一項（内部取引に係る課税の特例に係る納税の猶予）の規定による納税の猶予を含む。）又は」と、同条第十号中「納税の猶予又は」とあるのは「納税の猶予（租税特別措置法第四十条の三の四第一項の規定による納税の猶予を含む。）又は」と、同法第百五十一条第一項中「納税の猶予の要件等）又は」とあるのは「納税の猶予の要件等）、租税特別措置法第四十条の三の四第一項（内部取引に係る課税の特例に係る納税の猶予）又は」と、同法第百五十一条の二第一項中「納税の猶予の要件等）」とあるのは「納税の猶予の要件等）又は租税特別措置法第四十条の三の四第一項（内部取引に係る課税の特例に係る納税の猶予）」と、同条第二項第一号中「第三項まで」とあるのは「第三項まで若しくは租税特別措置法第四十条の三の四第一項」と、同項第二号中「第三項まで」とあるのは「第三項まで若しくは租税特別措置法第四十条の三の四第一項」と、「同法」とあるのは「国税通則法」と、「含む。）」とあるのは「含む。）又は租税特別措置法第四十条の三の四第五項第五号」とする。

⑦納税の猶予をした場合には、その猶予をした所得税に係る延滞税のうち納税の猶予期間（第一項の申請が同項の納期限以前である場合には、当該申請の日を起算日として当該納期限までの期間を含む。）に対応する部分の金額は、免除する。ただし、第五項の規定による取消しの基因となるべき事実が生じた場合には、その生じた日後の期間に対応する部分の金額については、税務署長等は、その免除をしないことができる。

⑧納税の猶予に関する申請の手続に関し必要な事項は、政令で定める。