前項の更正の請求に基づく国税通則法第二十四条又は第二十六条の規定による更正があつた場合において、新法第百五十九条第二項（更正又は決定による源泉徴収税額等の還付）（新法第百六十八条（非居住者に対する準用）において準用する場合を含む。）の規定による還付金について国税通則法第五十八条第一項（還付加算金）に規定する還付加算金を計算するときは、その計算の基礎となる同項の期間は、施行日からその還付のための支払決定をする日又はその還付金につき同法第五十七条第一項（充当）の規定による充当（以下「充当」という。）をする日（同日前に充当をするのに適することとなつた日がある場合には、その適することとなつた日）までの期間とする。