第百六十五条の三（恒久的施設に帰せられるべき純資産に対応する負債の利子の必要経費不算入）
Article 165-3Exclusion of Interest on Liabilities Corresponding to Net Assets Attributable to a Permanent Establishment from Necessary Expenses
If the amount calculated pursuant to Cabinet Order as the amount of net assets pertaining to the permanent establishment of a Nonresident for each year is less than the amount calculated pursuant to Cabinet Order as the amount that should be attributed to the permanent establishment out of the amount equivalent to the amount of net assets of the Nonresident, the amount calculated pursuant to Cabinet Order as the part corresponding to the shortfall, out of the amount prescribed by Cabinet Order as the amount of interest on liabilities (including anything prescribed by Cabinet Order as equivalent thereto) related to the business conducted by the Nonresident through the permanent establishment in that year, is not included in necessary expenses or the amount expended in calculating the Nonresident's real property income, business income, timber income, or miscellaneous income, or occasional income for that year, calculated in accordance with Article 165, paragraph (1) (Calculation of the Tax Base and Amount of Income Taxes Imposed on Aggregate Income) with regard to the Nonresident's income attributable to a permanent establishment for that year.
非居住者の各年の恒久的施設に係る純資産の額として政令で定めるところにより計算した金額が、当該非居住者の純資産の額に相当する額のうち当該恒久的施設に帰せられるべき金額として政令で定めるところにより計算した金額に満たない場合には、当該非居住者のその年の恒久的施設を通じて行う事業に係る負債の利子（これに準ずるものとして政令で定めるものを含む。）の額として政令で定める金額のうち、その満たない金額に対応する部分の金額として政令で定めるところにより計算した金額は、当該非居住者のその年分の恒久的施設帰属所得につき第百六十五条第一項（総合課税に係る所得税の課税標準、税額等の計算）の規定により準じて計算する不動産所得の金額、事業所得の金額、山林所得の金額若しくは雑所得の金額又は一時所得の金額の計算上、必要経費又は支出した金額に算入しない。
Cabinet Order provides for the necessary particulars concerning the application of the provisions of the preceding paragraph.
前項の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。
定義第二条第一項第八号の四・法令全体に適用
次に掲げるものをいう。ただし、我が国が締結した所得に対する租税に関する二重課税の回避又は脱税の防止のための条約において次に掲げるものと異なる定めがある場合には、その条約の適用を受ける非居住者又は外国法人については、その条約において恒久的施設と定められたもの（国内にあるものに限る。）とする
わかりやすく言うと
非居住者や外国法人が国内に持つ支店や工場など事業を行う一定の場所、建設や据付けの工事などを行う場所、自分のために契約を結ぶ権限のある者などで、政令で定めるものです。租税条約に異なる定めがあれば、その適用を受ける者については条約で恒久的施設とされる国内のものになります。
略称規定第百六十五条第一項・この節の中だけ
前条第一項各号に掲げる非居住者の当該各号に定める国内源泉所得について課する所得税（以下この節において「総合課税に係る所得税」という。）の課税標準及び所得税の額は、当該各号に定める国内源泉所得について、別段の定めがあるものを除き…
わかりやすく言うと
非居住者に課される所得税のうち、恒久的施設を持つかどうかの区分に応じて第百六十四条第一項各号に定められた国内源泉所得に対して課すもののことです。
略称規定第百六十五条第二項・この款の中だけ
前条第一項第一号に掲げる非居住者の同号イに掲げる国内源泉所得（以下この款において「恒久的施設帰属所得」という。）に係る各種所得の金額につき前項の規定により前編第二章第二節第一款及び第二款（各種所得の金額の計算）の規定に準じて計算する場合に…
わかりやすく言うと
恒久的施設を持つ非居住者の所得のうち、恒久的施設を独立した事業者とみなしたときにそこに帰せられるべき所得（第百六十一条第一項第一号）と、組合契約に基づき恒久的施設を通じて行う事業から配分される利益で政令で定めるもの（同項第四号）のことです。